崇祯九年，闯王高迎祥成功突围卢象升、祖宽、罗岱、杨世恩等大军包围圈，撤军至汉中。名臣卢象升为了防止农民起义侵袭关中，命天雄军严防死守汉中石门栈道出口，形成关门打狗之势。同年七月，高迎祥被困石门，人饥马乏，不得已又率领大军从汉中石门栈道出发，意欲走子午道直驱关中平原。行军至周至，却不料中了陕西巡抚孙传庭的埋伏，全军覆没。高迎祥被俘后，被押解至北京凌迟处死，身受1650刀，惨不忍睹。
闯王高迎祥死后，原本就心怀鬼胎的起义军内部发生严重分歧，争权夺利，一部分推荐李自成为闯王，一部分跟随张献忠。内部勾心斗角，毫无战意。
孙传庭胜利后，正欲乘胜追击，不料清军攻入长城，崇祯急忙传旨将他至京城防守。农民起义军才得到残喘。孙传庭调离后，由五省军务总督陈奇瑜接手对农民军的剿灭，由于陈奇瑜在河南和湖光等地屡立奇功，不免有了轻敌之心。
得知李、张二人率军再次进入汉中，陈奇瑜马不停蹄追赶过来，意图将其二人彻底扼杀于汉中。当李、张率领大军行至汉中石门栈道后，再次将农民军堵在了这里。
李、张二人原本就是败军之将，又误入歧途。加上进入石门栈道后，阴雨连绵，连接下了两个多月。“弩解刀蚀，衣甲浸，马蹄穿，数日不能一食。”
李自成与张献忠知道这次是凶多吉少，面对绝境，决定采取诈降手段。而张献忠原本就诈降过多次，可谓是轻车熟路，他们将掠夺而来的财宝如鄙履般送出去贿赂陈奇瑜手下军官和士兵。
陈奇瑜上报朝廷，于兵部尚书张凤翼牵头，最终崇祯下旨招安李自成与张献忠，解散义军四万多人，令其自行返乡。却不知义军“乃整旅出栈，与奇瑜兵揖让酣饮，易马而乘，抵足而眠。贼之无衣甲者皆整矣，无弓矢者皆砺矣，数日不食者皆饱腹矣。”
诸不知陈奇瑜却上了大当，那么被遣散的义军，一出囧境立马又聚集在了一起。陈奇瑜这时才如梦初醒，自知闯下了大祸。他先归罪于宝鸡知县李嘉彦，说他阻挠抚局，杀降激变；继之又把责任推给陕西巡抚练国事。朱由检不了解实际情况，又因这次招抚是自己批准的，出于护短的心理，先后下令逮捕了李嘉彦、练国事等人，命李乔接任陕西巡抚。不久，由于给事中顾国宝和陕西巡按傅永淳等人，纷纷上疏指责陈奇瑜主抚误了大事，朱由检才决定将陈奇瑜革职拿问。
李自成走出栈道后，最终成为压倒大明王朝最后的一根稻草。而张献忠却率领大军进入四川。并且处死了汉中的瑞王朱常浩（今天汉中北大街莲花池公园就是朱常浩的王府后花园的一部分）、巡抚陈士奇、兵备副使陈纁、知府王行俭等人。
脱离险境后，张献忠在四川建立了大西政权。至清大顺三年五月，清和硕亲王豪格率清军攻占汉中。后又接着蚕食四川农民根据地。最终张献忠战死。其义子孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇继续与满清抗争，直到康熙年间。
张献忠在汉中的这几次战争，汉中石门栈道是必经之路。可以看出，控制了石门栈道的主动权，就控制了战争的主动权。更突出了其重要性与绝对性。
现在，石门栈道已经被打造成国家四A级旅游景区。每当游人登上栈道，途经驿站，都无不为其所惊叹。仿佛自己也置身于那千百年前的战场。
