隧道既是栈道的特殊形式，又是修建栈道时最艰巨的工程。石门隧道，东汉时期，皇帝刘庄下诏，于公元63年动工，由汉中太守鄐君受令承修褒斜道时开凿。参加徒工2690人，公元66年4月开通。《石门铭》：“穹隆高阁，有车辚辚，咸夷石道，肆杜其骃，千载绝轨，百辆更新”，真实的描绘了褒斜栈道及石门隧道通行的盛况。
石门隧道大体呈南北走向，与褒斜栈道底部处于同一水平线，东侧长16.5米，西侧长15米，南北二洞口分别高3.45米和3.75米，宽4.2、4.1米；洞内无斧、钎、钻等痕迹，岩面平整光滑。在火药尚未发明时，由工匠采用“火烧水激”之法开凿的。开创了世界人工开凿隧道的先河。
石门位于褒河谷口，一面紧连山体，一面突兀河谷，地势陡峭，十分险要。石门洞的开通使南北交通畅通无阻，让褒斜道成为古代的高速公路。石门洞的开凿使褒谷秀美的山水更加壮丽多姿，历代文人墨客、达官贵人在此观光山水后留下了珍贵的墨迹，仅石门洞内就有石刻34方石刻。著名的《石门颂》、《石门铭》等石刻就在洞内。